为推进中日农业文化交流史和两国农业历史文化的比较研究，2015年我院与东京农业大学合作成立中日农业史比较研究中心。本中心现有研究人员18名，其中教授12名，副教授4名，近年来，发表相关学术论文100余篇，承担研究课题30余项，与东京农业大学、京都大学、北海道大学、关西学院大学、大阪经济大学、岛根县立大学等日本高校和日本农业历史学会、日本关西农史学会等学术研究机构建立了学术交流关系，积极派出研究生和青年教师到东京大学、京都大学等学校交流学习，为推动中日乃至东亚农史研究交流做出了贡献。

原北海道大学教授、日本著名农业经济、农业史研究学者牛山敬二先生把平生积累的5000余册日文图书资料无偿捐献给我院，我院以这部分图书为主体，将南京农业大学图书馆和中国农业遗产信息资源中心原有的日文文献集中起来，建立了专门的日文农史资料库——牛山敬二文库。本中心依托牛山敬二文库定期招收具有日语基础、志愿从事农史研究的研究生，兼具人才培养职能。