南京农业大学区域农业研究院依托国家重点学科（作物栽培学与耕作学）、农业部重点实验室（作物生长调控实验室）和农村区域发展专业，以农村区域协调发展的关键技术与技术集成、发展模式、发展战略与规划设计研究为主要任务，面向农村和农业、面向农民和农业企业、面向农业管理部门，以教学、科研、推广应用三结合为特色的研究性机构。研究院成立于1996年，现任院长朱利群教授。

区域农业研究院紧紧抓住“三农”（农业、农民、农村）这一农村社会经济发展的根本问题，以发展现代农业生产、保障区域生态安全、促进农民健康生活、培育农村社区文明、实现城乡和谐发展为目标，围绕现代实用技术集成创新和组织管理模式集成创新，开展各种相关理论研究和实践研究。主要研究领域有：种植业生产关键技术研发与集成、区域农业发展战略与产业规划、农业开发项目和园区规划设计、农村生态环境保护与综合整治规划、农村发展政策与法规体系、区域生态经济社会系统整体规划等等。主要标志性研究成果有：《长江三角洲发达农区高效外向型种植模式研制与应用》获教育部科技进步二等奖，《沿江、苏南地区多元高效种植模式研究与应用》获江苏省科技进步二等奖，《长江流域稻麦高产区多元多熟及稻麦两熟高产高效种植新技术》获农业部科技进步三等奖，《现代农业开发园区（项目）的策划、规划与实施推广》获教育部科技进步三等奖，江苏省部分实用农业生产技术标准制定，农业产业关联的生态经济分析模型与技术，种植业和农业生产结构和空间布局分析与优化模型技术，江苏省部分县市生态示范区规划、生态县（市）建设规划，不同层次农业产业发展规划、各种农业开发项目（园区）规划设计等等。负责完成规划的锡山现代农业产业园获批国家现代农业产业园，颍上县获批国家农业可持续发展试验示范区，溧阳曹山现代农业产业示范园、眙盱环湖大道现代农业产业示范园、泗洪现代农业产业示范园、张家港常阴沙现代农业产业示范园、苏州吴江现代农业产业示范园、宜兴现代农业产业示范园、常州武进现代农业产业示范园等多个示范园获批江苏省省级现代农业产业示范园。

区域农业研究院研究教学实力较强，现有主干专业研究教学人员20多名，在读博士研究生20多名、硕士研究生80多名，每年可接受本科实习生10多名。除依托国家重点学科和农业部重点实验室的强大科研设备设施条件以外，有分析化验室1个、规划设计与计算机实验室1个、多通道生态环境综合自动测量系统、GPS系统和地理信息系统多套，各种图书资料千余册。近年来承担国家攻关、863、国家自然科学基金、国家教委、国家重点研究计划、江苏省农业科技自主创新项目，以及地方农业发展规划、生态规划农业园区规划等各级科研项目50多个，总科研经费800多万元。研究院成立以来，主要研究人员先后获得国家、部省级成果奖8个，其中部省级2等奖3个、三等奖3个，发表研究论文100多篇，主编和参编各种教材和专著8部。