中国农业历史研究中心是一个集科学研究、人才培养和信息收集与服务于一体的开放型的学术机构。它以研究和宣传中国悠久的农业历史和灿烂的农业文化为己任， 结合当前经济与社会发展中的一些重大问题有针对性地开展工作， 力求做到“古为今用，洋为中用”，为中国文化事业的繁荣，为中国农业与农村的健康发展和农业现代化建设而努力奋斗。

研究中心以一支训练有素、结构优良、梯队合理的专职研究队伍为核心，通过聘请兼职研究员、接受国内外访问学者、博士后研究人员和招收博士和硕士研究生等方式团结和聚集国内外相关学科的研究力量，开展广泛的科学研究、人才培养和信息收集与服务工作。为中国农史事业的发展而共同努力。

2009年10月，经专家评审，江苏省教育厅研究决定，南京农业农业大学“中国农业历史研究中心”被确定为首批“江苏高校哲学社会科学重点研究基地”。

“中国农业历史研究中心”下设江苏农业文化遗产研究室、区域农业发展史研究室、农业灾害与环境研究室。其中：

江苏农业文化遗产研究室致力于梳理和掌握江苏重要农业文化遗产的分布、数量、特征、保存现状、环境状况等基本情况，并通过评估这些农业文化遗产的社会、经济、历史价值，全面了解江苏农业文化遗产状况。

区域农业发展史研究室致力于深入、系统地研究明清时期该地区农业发展的历史过程、历史成就及其特点，从中总结历史规律，挖掘传统农业精华，从而对区域经济、文化的协调发展和社会进步起到推动作用。

农业灾害与环境研究室致力于分析中国传统社会时期农业灾害频发的深层原因，还历史以本来面目，从生态环境和社会的视角去分析当时灾害的生发原因和相互间的螺旋互动关系，努力探寻中国传统社会时期农业灾害生发的脉络，找出一些规律性的特征，古为今用，为今天农业灾害防治与经济发展提供有益借鉴。

“中国农业历史研究中心”与中华农业文明研究院合署运行。